哺乳動物驅(qū)動蛋白的計算基因組學(xué)分析與鑒定

提供了一種新穎的、基于比較基因組學(xué)方法的全長驅(qū)動蛋白預(yù)測方法(full-length kinesin prediction program,FKPP),用于哺乳動物中驅(qū)動蛋白質(zhì)組的鑒定與研究.之前的預(yù)測認為,哺乳動物共含94個驅(qū)動蛋白,而用FKPP從哺乳動物的基因組中總共鑒定出134個可能的驅(qū)動蛋白基因.基于數(shù)據(jù)庫中存在的片段序列,用FKPP鑒定出25個可能的全長驅(qū)動蛋白.此外,用FKPP方法發(fā)現(xiàn)人的動點馬達蛋白CENP-E應(yīng)包含2701個氨基酸,而不是當(dāng)初根據(jù)克隆預(yù)測的2663個氨基酸.通過對CENP-E的cDNA進行重測序,并同時采用特異性識別FKPP預(yù)測的CENP-E多肽抗體予以實驗評估,結(jié)果表明,FKPP預(yù)測的CENP-E氨基酸序列是正確的.為此,本研究利用FKPP對哺乳動物的驅(qū)動蛋白進行了重新分類.鑒于目前公共數(shù)據(jù)庫含有較多非全長序列的蛋白片段,FKPP可提供一個具有顯著效率且準(zhǔn)確新穎的全長序列預(yù)測手段,用于驅(qū)動蛋白以及其他蛋白家族的分子鑒定.

作 者： 薛宇 劉丹 符傳孩 竇震 周慶 姚雪彪   作者單位： 薛宇,劉丹,符傳孩,竇震,姚雪彪(中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)細胞動力學(xué)實驗室及合肥微尺度物質(zhì)科學(xué)國家實驗室,合肥,230027)

周慶(中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)細胞動力學(xué)實驗室及合肥微尺度物質(zhì)科學(xué)國家實驗室,合肥,230027;浙江大學(xué)農(nóng)學(xué)院,杭州,310003) 

刊 名： 科學(xué)通報  ISTIC PKU 英文刊名： CHINESE SCIENCE BULLETIN  年，卷(期)： 2006 51(14)  分類號： Q95  關(guān)鍵詞： 驅(qū)動蛋白   比較基因組學(xué)   CENP-E   全長驅(qū)動蛋白預(yù)測方法(FKPP)  

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