原核表達(dá)中優(yōu)化起始密碼下游序列的軟件設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn)

在原核表達(dá)中影響外源基因表達(dá)效率的因素有很多,這其中翻譯起始效率起了非常重要的作用.翻譯起始效率又主要受SD序列、SD序列與起始密碼子之間的間距、DB(Downstream Box)序列、mRNA翻譯起始區(qū)(TIR)的二級結(jié)構(gòu)和稀有密碼子等因素的影響.主要針對DB序列和5′端稀有密碼子的優(yōu)化設(shè)計(jì)了軟件.通過計(jì)算機(jī)對序列進(jìn)行分析比對后,按照匹配堿基數(shù)、匹配位置、密碼子使用頻率平均值的順序進(jìn)行排序,給出一些優(yōu)化序列,并給出了軟件算法.

作 者： 許龍 李濤 周曉巍 黃培堂 XU Long LI Tao ZHOU Xiao-Wei HUANG Pei-Tang   作者單位： 許龍,周曉巍,黃培堂,XU Long,ZHOU Xiao-Wei,HUANG Pei-Tang(軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院生物工程研究所,北京,100071)

李濤,LI Tao(軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院國家生物醫(yī)學(xué)分析中心,北京,100850) 

刊 名： 生物工程學(xué)報(bào)  ISTIC PKU 英文刊名： CHINESE JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY  年，卷(期)： 2006 22(6)  分類號： Q786  關(guān)鍵詞： DB序列   16SrRNA   序列匹配性   基因表達(dá)   軟件設(shè)計(jì)  

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