全基因組預(yù)測目標(biāo)基因的新方法及其應(yīng)用

運(yùn)用隱馬爾可夫模型, 利用Perl編程, 以幾種模式生物的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫為基礎(chǔ), 構(gòu)建了目標(biāo)基因的全基因組預(yù)測的新方法.該方法具有高通量, 準(zhǔn)確度高且操作簡易等優(yōu)點(diǎn), 特別在多結(jié)構(gòu)域蛋白家族預(yù)測上更顯優(yōu)勢.應(yīng)用該方法對(duì)幾種模式生物的全基因組PPR和TPR蛋白家族進(jìn)行了預(yù)測, 其中粳稻日本晴中含有536個(gè)PPR蛋白、199個(gè)TPR蛋白;秈稻9311中含有519個(gè)PPR蛋白、177個(gè)TPR蛋白;擬南芥中含有735個(gè)PPR蛋白、292個(gè)TPR蛋白;紅藻中6個(gè)PPR蛋白、32個(gè)TPR蛋白;藍(lán)細(xì)菌以及古細(xì)菌中沒有PPR蛋白, 但藍(lán)細(xì)菌含有10個(gè)TPR蛋白, 古細(xì)菌有4個(gè)TPR蛋白, 并對(duì)所得結(jié)果進(jìn)行了進(jìn)一步生物信息學(xué)分析.

作 者： 張菁晶 馮晶 朱英國 李陽生 ZHANG Jing-Jing FENG Jing ZHU Ying-Guo LI Yang-Sheng   作者單位： 張菁晶,朱英國,李陽生,ZHANG Jing-Jing,ZHU Ying-Guo,LI Yang-Sheng(武漢大學(xué)生命科學(xué)院植物發(fā)育生物學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,武漢,430072)

馮晶,FENG Jing(武漢大學(xué)高科技研究與發(fā)展中心,武漢,430072) 

刊 名： 遺傳  ISTIC PKU 英文刊名： HEREDITAS(BEIJING)  年，卷(期)： 2006 28(10)  分類號(hào)： Q3  關(guān)鍵詞： 基因預(yù)測   Perl   HMM   全基因組   PPR   TPR  

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